Evaluación de los acoplamientos E6-lig

Los acoplamientos E6+lig obtenidos con Autdock 4 y Autodock Vina en el Objetivo 4 fueron analizados y preparados previo a la SDM del complejo. Los siguientes dos scripts se utilizaron para obtener la mejor conformación de acoplamiento de cada ligando a partir de los archivos .pdbqt o .dlg. La asignación de hidrógenos no polares a la molécula se realizó con la herramienta Open Babel, y los archivos de salida son en formato .pdb.

 
# PARA ACOPLAMIENTOS OBTENIDOS CON AUTODOCK 4
#!/bin/csh
mkdir pdb_babel
foreach lig_dlg (`ls *.dlg`)
    set name = `basename $lig_dlg .dlg`
    # Extracción de la mejor conformación
    pythonsh write_lowest_energy_ligand.py -f $lig_dlg -v -o $name.pdbqt
    # Agrego los hidrógenos
    babel -ipdbqt $name.pdbqt -opdb pdb_babel/"$name".pdb -f 1 -l 1 -h -p 7
    #rm *pdbqt
end
				

 
# PARA ACOPLAMIENTOS OBTENIDOS CON AUTODOCK VINA
#!/bin/csh
#cre aun pdb de la mejor conformacion de un pdbqt de salida de vina||
mkdir pdb_babel
foreach lig (`ls *.pdbqt`)
    set name = `basename $lig .pdbqt`
    babel -ipdbqt "$lig" -opdb pdb_babel/"$name".pdb -f 1 -l 1 -h -p 7
end

Para conocer los enlaces de hidrógeno formados en el complejo E6+lig se utilizaron los siguientes dos scripts. El primero evalúa para cada molécula en formato .pdb en el directorio de trabajo, el número de enlaces de Hidrógeno y los residuos que participan en el acoplamiento E6+lig. Para ello utiliza script_find_Hbons.py. Los resultados de la ejecución son después analizados en R.

 
#!/bin/csh

# Ruta del ejecutable chimera de  UCSF Chimera
set chimera = "ruta/ejecutable/chimera"

mkdir h_bonds
foreach lig (`ls *.pdb`)
	# El pdb de la proteína PROT.pdb en el directorio ./PROT
    set protein = "./PROT/e16.pdb"
    set lig_name = `basename $lig .pdb`
# Evalúa los enlaces de hidrógeno con chimera
    $chim --nogui --silent --script "./script_find_Hbons.py $lig_name.pdb $protein"
# Extraer el nombre del compuesto y el número de enlaces
    set n_hb = `grep "#1:" "$lig_name"_Hb.txt | wc -l`
    echo $lig_name $n_hb
    echo $lig_name $n_hb >> HB_ligans_result.txt
# Imprime el residuo de la proteína que forma el enlace, para cada enlace del ligando...
# Y lo guarda para posteriormente identificar los residuos y su frecuencia entre ligandos
    echo $lig_name `grep -o '#1:[0-9]*' "$lig_name"_Hb.txt | awk -F ' ' '_[$0]++'` >> HB_by_resid_freq.txt
    mv "$lig_name"_Hb.txt h_bonds
				

script_find_Hbons.py, su implementación requiere la instalación de UCSF Chimera (ver referencia).

 
# Script script_find_Hbons.py
from chimera import runCommand as rc
import OpenSave, sys

# Abre las moléculas en chimera
rc("open %s" % str(sys.argv[1])) #Ligando
rc("open %s" % str(sys.argv[2])) #Proteina
# Utiliza la función findhbond para intermodelos
rc("findhbond intramodel false intraMol" +
		"false intermodel true saveFile %s" % 
		( str(sys.argv[1]).split(".")[0] + "_Hb.txt" ) )

				

 
# Una vez más se utiliza el módulo chimera
from chimera import openModels, Molecule 
from AddCharge import estimateNetCharge
from OpenSave import osOpen

# Igarda un archivo con los residuos que participan en el enlace
output_names = osOpen("./carga_estimada_por_residuo.txt", "w")
# guarda únicamente el valor de la carga
output_charge = osOpen("./carga.txt", "w")
for m in openModels.list(modelTypes=[Molecule]):
	print>>output_names, m, m.name, estimateNetCharge(m.atoms)
        print>>output_charge, estimateNetCharge(m.atoms)        
        print m.name, estimateNetCharge(m.atoms)
output_charge.close()
output_names.close()