Acoplamiento molecular con Autodock4.2

  1. Descarga las siguientes moléculas:
Receptor Ligando
prot_U.pdb lig_U.pdb
prot_W.pdb lig_W.pdb
  1. Realiza el acoplamiento molecular entre los pares correspondientes, prot_U con lig_U y prot_W con lig_W, utiliando Autodock4.2
    1. Realiza las conversiones y preparaciones necesarias de ambas moléculas.
    2. Identifica la que consideres la mejor cavidad de la proteína para el acoplamiento. Usa CASTp de ser necesario.
    3. Define tú mismo el espácio de búsqueda estableciendo el tamaño y posición del grid.
  2. Usa los siguientes parámetros para llevar a cabo el docking con cada una de las moléculas:
    1. Número de evaluaciones del algoritmo genético lamarckiano = 2500000 (2.5 millones)
    2. Número de corridas de docking = 30
    3. Modelo de la función de scoring = bound
  3. Utiliza la base de datos BindigDB, en la sección Compound > Chemical Structure para buscar información sobre los dos ligandos lig_U y lig_W.
    1. Tendrás que utilizar la búsqueda mediante SMILES (¿Cómo conviertes tu archivo pdb a SMILES?)
    2. Procura generar el SMILES de la molécula sin los átomos de hidrógeno.
    3. Pega únicamente el SMILES en el cuadro de texto que pone More SMILES or InChI para realizar la búsqueda por similitud del ligando en la base de datos.
    4. De la tabla de resultados, identifíca la(s) molécula(s) con mayor similitud (similarity=1.0). Identifica aquellas que reporten un valor de Kd y anota el mejor Kd disponible tanto para lig_U como para lig_W.

Reporte de Resultados

  1. 🚨 🚨 🚨 En un archivo excel (plantilla), reporta los siguientes campos (cada campo es una fila):
    1. Sobre la molécula:
      1. Nombre del ligando:
      2. Número de hidrógenos:
      3. Número de hidrógenos polares:
      4. Número de átomos:
      5. Número de enlaces rotables:
      6. Tipos de átomo del ligando:
    2. Sobre los parámetros del acoplamiento molecular:
      1. Dimensiones del grid (x, y, z):
      2. Posición del centro del grid (x, y, z):
      3. Espaciado del grid (Å):
    3. Sobre los resultados del mejor acoplamiento:
      1. Energía libre de unión predicha por AD4:
      2. RMSD de la pose con respecto a la conformación inicial:
      3. Componente de energía electrostática:
      4. Componente de E de vdW:
      5. Componente de E de enlaces de hidrógeno:
      6. Eficiencia del ligando:
      7. Número de enlaces de hidrógeno con la proteína:
      8. Residuos de la proteína con los que forma enlaces de hidrógeno:
    4. Sobre la constante de disociación experimental reportada por BindinbDB
      1. Kd experimental:
      2. Constante de inhibición:
  2. Añade al excel del ligando acoplado a la cavidad de la proteína, mostrando los residuos con los que establece enlaces de hidrógeno.
    1. Puedes usar UCSF Chimera o AD4
  3. 🚨 🚨 🚨 Enviar únicamente el archivo excel por mensaje personal a mi cuenta (Joel Ricci) en el Slack del grupo.
  4. Fecha límite de envío es el día viernes 13 de marzo a las 23:59 horas.

Recursos

  1. Explora los resultados usando AutoDockTools:
    1. Tutorial usando la interfaz de AutoDockTools
    2. Video Tutorial
  2. Explora los resultados usando Chimera
    1. Herramienta de análisis de Chimera.
    2. ViewDock Tutorial